Factorii de prelucrare şi depozitare pot favoriza contaminarea suplimentară a alimentelor sau pot inhiba/distruge parţial sau integral populaţia microbiană prezentă în preparatele din carne. Uneori, însă, modul ales pentru depozitare  poate schimba compoziţia chimică a salamurilor influenţând, după afumare, profilul microflorei contaminante. Corelaţii între condiţiile de depozitare şi perioada de valabilitate Pentru batoanele de salam (indiferent de modul de prelucrare-afumare), regula principală a depozitării este aplicabilă fără derogare: salamurile semiafumate şi afumate nu se păstrează culcate în lăzi sau alte recipiente, în stivă, chiar dacă se consideră că spaţiile de depozitare oferă limite termice şi de ventilaţie impuse de normele specifice. Umiditatea imediată, care se produce în aceste situaţii, modifică aspectul exterior influenţând negativ calitatea produsului.   Batoanele de salam (semi)afumat se depozitează pe beţe sau ţevi aeriene atent zincate, aşezate pe rastele, în camere frigorifice uscate şi bine ventilate. Temperatura încăperilor este variabilă, în funcţie de sortimentele depozitate. Distanţa dintre batoane trebuie să se încadreze în limita a 5-7 cm, pentru a permite circulaţia aerului şi uscarea cât mai uniformă a produselor. Un element important este sfoara folosită la legarea membranelor cu compoziţie, în scopul de a oferi şi menţine o anumită formă batoanelor de salam, de a mări rezistenţa acestora şi siguranţa pe baghetele de depozitare. Dacă la legarea preparatelor de carne obişnuite se foloseşte sfoara 2C, pentru salamurile de durată şi alte specialităţi se apelează la sfoara 3F. Sfoara trebuie să fie lustruită, să nu se desfacă firele şi să aibă o umiditate maximă de 14%. Prezentare individuală şi analiză Fiecare baton se marchează prin etichetare. Marcarea individuală a batoanelor se face prin etichetare de la capăt de şirag, cu următoarele specificaţii: denumirea firmei producătoare, adresa acesteia plus ţara de provenienţă, denumirea produsului, sortimentul, ingrediente utilizate, speciile de animale de la care provine carnea (inclusiv organele), masa netă a produsului, modul de păstrare şi conservare, termenul de valabilitate, data fabricaţiei, valoarea nutritivă, menţionarea procedeelor de fabricaţie sau natura tratamentelor utilizate. Temperatura în spaţiul de depozitare a salamurilor este monitorizată de responsabilul pentru siguranţă alimentară, valorile măsurate urmând a fi  înregistrate în fişa de monitorizare – depozitare a produselor finite. Temperatura spaţiilor de depozitare a salamurilor (variabilă, în funcţie de produs) are o medie de 6 grade Celsius. Livrarea din/în depozitele frigorifice pentru salamuri se efectuează conform principiului „primul intrat, primul ieşit”. Responsabilul pentru siguranţa alimentară verifică modul de inscripţionare a termenului de valabilitate şi confruntă etichetele înscrise în fişă de către personalul operativ desemnat, sub supravegherea gestionarului de produs finit. Etichetarea se realizează pe cărucioarele de staţionare temporară a produselor. Operatorul/operatorii care efectuează etichetarea completează, la rândul lor, fişa de monitorizare – etichetare a produsului finit, prin aplicarea fiecărei etichete a sortimentului livrat, cu data inscripţionată manual pe fişă, ca dovadă a inscripţionării corecte. Analiza microbiologică a salamurilor depozitate se face în mod periodic, însă nu mai rar de o dată la zece zile, precum şi la solicitarea organelor de control, în cazul apariţiei unor suspiciuni în ceea ce priveşte calitatea produselor, nerespectării regimului termic sau regimului de igienă.