Impactul activităților umane asupra apelor dulci, de suprafață, s-a amplificat odată cu dezvoltarea economică intensivă din agricultură și industrie. Prin adresare directă, îndeosebi chimică, și indirectă, ca efect secundar a activității umane, biodiversitatea naturală și integritatea biologică a ecosistemelor acvatice au suferit schimbări semnificative în sensul dezorganizării totale sau parțiale a reducerii ecosistemelor și reducerii cantitative a populațiilor de organisme acvatice (reducerea numerică, restrângerea de areal), inclusiv dispariția totală a unor specii. Analiza prin monitoring biologic devine extrem de importantă.

Acțiuni distructive asupra faunei piscicole Impactului negativ al acțiunilor agricole și industriale i s-au adăugat lucrările hidroelectrice, care au modificat subtanțial cursul mai multor ape, prin construirea barajelor și lacurilor de acumulare, în scopul obținerii de energie electrică pentru a susține dezvoltarea industrială. Aceste obstacole pe căile de migrație au împiedicat accesul la locurile de reproducere și au condus spre dispariția unor întregi populații de specii reofile. În anumite situații, unele râuri mari și-au pierdut practic (în special, pe cursul inferior) caracterul reofil, fiind înlocuite de o salbă de lacuri de acumulare (ex. Argeșul, Siretul, Oltul), situație care a afectat iremediabl structura populațiilor piscicole. Pe unele segmente de râu, s-au efectuat lucrări de regularizare a cursului, lucrări care au modificat caracterul natural al acestora, ducând la linearizarea malurilor, tăierea vegetației de luncă și la dispariția locurilor de viață și reproducere a multor specii piscicole. Una dintre cele mai distructive acțiuni asupra faunei piscicole a constituit-o desecarea luncii inundabile a Dunării, în scopul creșterii suprafeței agricole. Dispariția acestor zone umede și a majorității marilor lacuri din lunca Dunării a însemnat pierderea locurilor de reproducere și de hrănire pentru majoritatea speciilor din Dunăre, cu rezultate dezastruoase asupra abundenței și chiar a existenței lor. De asemenea, pescuitul industrial necontrolat și braconajul au dus la reducerea drastică a efectivelor unor specii de pești cu valoare economică, aducându-le în pragul dispariției. Folosirea, în ultimele două decenii, a unor metode de braconaj extrem de distructive (pescuitul electric, pescuitul cu clor sau carbid, pescuitul cu gaz, pescuitul cu explozivi, răstocirea apei) a determinat afectarea întregii faune piscicole, chiar și a speciilor fără valoare economică. În situația de față, se impune luarea unor măsuri care să stopeze involuția prezentă a ecosistemelor acvatice de apă dulce și trecerea la refacerea sau conservarea acestora prin măsuri de reparare și protecție, până la revenirea la un stadiu existent înaintea degradării. În aceste condiții, cunoașterea precisă și exactă a modificărilor survenite în structura ecosistemelor acvatice, în vederea refacerii și conservării, presupune aplicarea unor metodologii de investigație adecvate. Investigațiile de natură chimică și fizică privind modificările survenite în biotop nu sunt suficiente pentru aprecierea impactului suferit de ecosisteme, a distorsiunilor și dereglărilor apărute. Introducerea și utilizarea metodelor și tehnicilor de investigare biologică sunt necesare pentru înregistrarea cu precizie nivelul degradării structurale. Sunt informații ce pot fi obținue printr-un monitoring biologic, cu ajutorul căruia se pot cuantifica principalele componente vii ale ecosistemului, printr-o acțiune de ecozonare și stabilire a diversității. Ecozonarea pe criterii fizico-chimice și biologice va reda exact starea reală a biotipurilor și ecosistemelor investigate. Populațiile native (autohtone naturale) de pești, din apele interioare dulci, care formează așa-numitul ”genofond piscicol natural”, constituie un indicator bun privind starea generală a ecosistemului, prin poziția de consumator de gradul I, II și III, în lanțurile trofice existente. Problema ocupării individuale a spațiului a preocupat oamenii de știință dintotdeauna. În multe dintre studiile de ecologie naturală este utilă localizarea și urmărirea deplasării animalului: tehnica radiodetecției ne poate ajuta să atingem acest obiectiv, furnizând date precise despre localizarea, mișcările și comportamentul animalelor, astfel încât să fie posibile estimări pertinente asupra mărimii domeniilor vitale sau a modului de utilizare a habitatului, cu implicații asupra acțiunilor și măsurilor de protejare periclitate.  Cursul cronologic al cercetărilor în domeniu Monitoringul biologic presupune analize cantitative și calitative ale faunei acvatice. Pentru aceasta, a fost necesară dezvoltarea unor metode rapide și ieftine de evaluare biologică. Principalele caracteristici pentru protocoalele de evaluare rapidă contau în:

• evaluare biologică cu costuri reduse, care să producă rezultate valide;
• permisiunea la investigații multiple, pe durata unui sezon de cercetări;
• stabilirea unor concluzii clare, care să permită luarea celor mai bune decizii;
• rapoarte științifice, care să poată fi ușor înțelese de autorități și de public;
• proceduri care să nu afecteze mediul.

Protocoalelede evaluare rapidă se pot dezvolta în două faze: prima este centrată pe dezvoltarea și rafinarea protocoalelor macronevertebratelor bentonice, a doua fază implicând introducerea unor protocoale analoage, pertinente pentru evaluarea populațiilor piscicole.  Etologia sau știința comportamentului a fost consacrată în 1973, când fondatorii au primit premiul Nobel pentru fundamentarea principiilor și legilor acestei științe. Se poate afirma totuși justificat că etologia s-a dezvoltat încă de la începutul al XX-lea, pe baze evoluționiste. Etologia a evoluat pe diverse căi, de la observații directe asupra comportamentului peștilor în natură și în captivitate la metode fiziologiste și behavioriste, care izolează animalul și îl supun la experimente concise. În acest fel, se încearcă controlul strict al tuturor parametrilor pentru eliminarea totală a subiectivismului și abordărilor eronate. Una dintre cele mai eficiente metode de studiu a peștilor constă în urmărirea deplasării acestora, în mediul natural, cu ajutorul echipamentului de telemetrie. Avansul tehnologiei a modificat, permanent și substanțial, aplicația și versatilitatea metodei, îndeosebi în perioada dintre prima utilizare (1956) și sfârșitul anilor 60. Primele studii de telemetrie au fost limitate, putându-se desfășura pe pești de talie mare, pentru perioade scurte de timp. Avansul tehnologiei a permis însă dezvoltarea de emițătoare mai mici și mai puternice, care permit cercetătorilor studierea unor specii de talie mai mică, să urmărească același pește pentru perioade mai lungi de timp și la o scară spațială mai mare. În plus, avansul tehnologic a oferit prilejul oamenilor de știință să colecteze date de mediu variabile, cum ar fi: adâncimea apei, temperatura acesteia și răspunsuri fiziologice ale organismelor (ex. ritmul cardiac, prin intermediul emițătorilor radio).